16 yaşında genç bir kız olan Eylül’ün üvey babası tarafından kendisine yapılan tacizleri ile başlar. Bu durumdan oldukça rahatsızlık duyan genç kız durumu annesine anlatır ve annesinin yaptırımı ile kendisini İstanbul Koşu yolu Kız Yetiştirme Yurdu kapısında bulur. Olay örgüsü Eylül’ün tacizlere maruz kalması ile başlamış olsa da yurda gelmesi ile edindiği arkadaşlıkları ile tamamen anlamlanmaktadır. Kırgın Çiçekler de beş genç kızın yaşam savaşları, aile özlemleri ve dostlukları her hafta işlenen konular ile seyirciye sunulmaktadır.